3回目の接種では、2回目までとは異なるメーカーのワクチンを接種する「交互接種」も行われます。
大きな理由は、2回目までファイザーのワクチンを接種した全員が、3回目もファイザーで受けられる量をすぐに確保できる見通しが立っていないことです。

厚生労働省によりますと12月と来年1月に接種の対象となるおよそ400万人分はすでにファイザーのワクチンを確保しています。
しかし、2月と3月に対象となる人はおよそ3400万人に急増するのに対し、現時点で国が用意できるのは2000万人分にとどまる見通しです。

このため、厚生労働省は、安全性や有効性を検証した上で、今後、モデルナのワクチンが承認されれば、ファイザーからモデルナに切り替えることを認めました。
一方、自治体からは、交互接種を認めても、ファイザーを希望する住民が多ければ、ワクチンが不足するのではないかと懸念する声が出ています。

https://www.nhk.or.jp/shutoken/newsup/20211201f.html