内容証明は郵便局が届け先に指定された文書を届けましたよって証明でしょ
郵便局の立場としては、届け先の内部でどうなったかはそりゃ知らんから、自治体内部の文書管理の問題
つまり公文書を確認もせず廃棄してる自治体だらけということ