世界中に産業革命の波が押し寄せ、近世から近代に移り変わろうとした頃、突如として不死の怪物・カバネが現れた。それらは鋼鉄の皮膜に覆われた心臓を持ち、噛んだ者までもカバネにしてしまう。カバネは爆発的に増殖し、全世界を覆い尽くしていった。
極東の島国である日ノ本(ひのもと)で、分厚い装甲に覆われた蒸気機関車・甲鉄城(こうてつじょう)に乗り込んだ生駒たちは、熾烈な戦いを潜り抜け、カバネと人の新たな攻防戦の地・日本海に面する廃坑駅の「海門」(うなと)に辿りついた。生駒たちは、同じくカバネから「海門」を奪取せんとする、玄路、虎落、海門の民と「連合軍」を結成し、カバネ撃退の策を立てるのだが、「海門」の地にはある秘密が隠されていたのだった――。

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