山上容疑者は事件当時の精神状態を調べるため、１０日まで大阪拘置所で鑑定留置中。奈良地検は鑑定結果などから刑事責任能力があると判断しており、勾留期限の１３日までに殺人罪で起訴するとみられる。
ただ、母親が献金を繰り返した旧統一教会（世界平和統一家庭連合）と密接な関係がある安倍氏を狙ったという容疑者の犯行動機は不可解で、「第三者の介在や関与、影響」があったのではという疑いは残る。
さらに、安倍氏には銃弾２発が当たったが１発が行方不明のうえ、安倍氏が緊急搬送された奈良県立医科大学付属病院の説明と、県警による司法解剖の結果に食い違いが指摘されるなど、事件の謎は数多く残っている。
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