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フルメタル・パニック？ ふもっふ
https://ja.m.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%83%AB%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%83%AB%E3%83%BB%E3%83%91%E3%83%8B%E3%83%83%E3%82%AF!
2003年8月27日-11月29日

AIR
https://ja.m.wikipedia.org/wiki/AIR_(%E3%82%B2%E3%83%BC%E3%83%A0)
2005年1月6日-3月31日

電車男
https://ja.m.wikipedia.org/wiki/%E9%9B%BB%E8%BB%8A%E7%94%B7_(%E3%83%86%E3%83%AC%E3%83%93%E3%83%89%E3%83%A9%E3%83%9E)
2005年7月7日-9月15日

フルメタル・パニック！ The Second Raid
https://ja.m.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%83%AB%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%83%AB%E3%83%BB%E3%83%91%E3%83%8B%E3%83%83%E3%82%AF!
2005年7月14日-10月20日

涼宮ハルヒの憂鬱
https://ja.m.wikipedia.org/wiki/%E6%B6%BC%E5%AE%AE%E3%83%8F%E3%83%AB%E3%83%92%E3%81%AE%E6%86%82%E9%AC%B1_(%E3%82%A2%E3%83%8B%E3%83%A1)
2006年4月-7月

らき☆すた
https://ja.m.wikipedia.org/wiki/%E3%82%89%E3%81%8D%E2%98%86%E3%81%99%E3%81%9F_(%E3%82%A2%E3%83%8B%E3%83%A1)
2007年4月-9月

オタク4世代論　アキバ王が語るオタクの“ライト化”
https://www.itmedia.co.jp/news/spv/0803/19/news027.html
2008年3月19日

秋葉原通り魔事件
https://ja.m.wikipedia.org/wiki/%E7%A7%8B%E8%91%89%E5%8E%9F%E9%80%9A%E3%82%8A%E9%AD%94%E4%BA%8B%E4%BB%B6
2008年（平成20年）6月8日

KAエスマ文庫
https://ja.m.wikipedia.org/wiki/KA%E3%82%A8%E3%82%B9%E3%83%9E%E6%96%87%E5%BA%AB
2009年10月2日 - 第1回京都アニメーション大賞を開催


結論
2000年以降の商業的なライトオタクの開拓による弊害

あの頃から普通の人達が「オタクは儲かる」って
感じでサブカルにわざわざ寄ってきた。
当時の嫌な空気感の正体はこれだった