京都市に関しては原因がはっきりしていて

主要都市にしては交通インフラが貧弱(地下鉄2路線は平均的だが観光地はほとんど通っておらず未だにバス頼み)
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原因は京都市の税収が少ないから
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京都市の税収が少ないのは、市内全域に異様なまでの高さ規制をしていて人口も産業も流出してるから

主なポイントはこれだけなんだけど、さすがに京都市も分かってるし、最近になってやっと高さ規制緩和の流れになった
だけど本当に若干の高さ規制の緩和のみなので、税収上げるレベルになるのかは本当に疑問だし、たぶん効果ないと思う

世界的には景観地区とそれ以外で高さ規制にメリハリ作って、歴史的地区の隣に高層ビル群なんか当たり前
京都市は未だにそれができない