文科省は昨年5月、国会で「外国政府が事実上支配している文化発信拠点は、国内の大学で他にあるか」
との質問に「孔子学院しかない」と答弁し、中国政府の意向で運営されているとみられる現状を問題視した。

 孔子学院の設置には、法令による認可や届け出は必要ない。そのため文科省は実態を把握できておらず、現在も「所管する部署がなく、詳細な情報がない」という状態という。

 開設にあたっては中国側が各大学に助成金を出しているとみられるが、資金の流れが公になるケースはほとんどない。
米国内の大学では、設置に関する協定内容を非公開とするよう中国側が求めたり、教職員に中国の国益を擁護するよう誓約させたりしていた、とされている。

 国内では各大学がホームページで孔子学院の概要を伝えているが、予算や資金の項目を設けているのは一部にとどまる。
欧米では中国政府の介入で「学問の自由が脅かされる」との危機感から廃止が相次いでおり、文科省は
「大学の主体的な教育・研究が妨げられているとの懸念が生じている。孔子学院を設置する大学には積極的な情報公開が求められる」とした。

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