「外注の免税事業者に支払った金額に対して仕入れ控除してたのが出来なくなったり」
これについては新制度に移行しない事業者とは取引しなければいいだけだから問題ない
そうやって新制度に移行しない不届きな事業者は淘汰していけばいい