動悸の原因が自慰行為と思っているけど、医師に言えず、不安なのですね。
まず、動悸の原因を自慰行為と決めつけず、他にもあるかも知れません。
動悸の回数が増えたり、激しくなったら、もう一度、病院にいってみてください。

自慰行為については、身体の成長に伴う普通の行為なので、回数などは気にしなくてよいでしょう。
自慰行為についての悩みは、相談コーナー(Q&A)「性・からだ」のQ408、Q424にもあります。
こちらの回答も参考にしてください。
https://www.machida-shakyo.or.jp/kids/body/soudan4250.htm