当初はジョンベネちゃんの両親に疑いの目が向けられていたが、現在は故人となったルー・スミット刑事が外部からの侵入者による犯行説を提唱。2008年のDNA検査で家族は潔白であると証明されている。
事件から26年目の今年、スミット刑事の娘であるシンディ・スミット=マーラさん率いるボランティアの捜査チームが、ジョン・アンダーソン刑事と共に、3つの重要な証拠に最新のDNA検査をするべきだと主張した。US版Sun紙によると、その証拠とは「下着」「レギンス」「切り取られた爪」だという。
ジョンベネちゃんの遺体には性的暴行の痕跡があり、犯人のDNAが残されていた。