コクランは最高権限があるというわけではなく
金銭的関係性がある場合にはコクラン・レビューの筆頭著者にはなれないなど、コクランでは、著者における厳しい利益相反基準を設けており、
そのことがレビュー結果の高い信頼性にもつながってきた。

しかしコクランのこの厳しい基準が崩れつつあるのではないかとの指摘が2000年代初め頃からなされるようになり、
2011年にHPVワクチンに関するコクラン・レビューの計画書が公表されたときには、HPVワクチン関連企業と金銭的関係性がある、
あるいはHPVワクチンの企業治験に関与していた研究者が本レビュー著者に名を連ねていることは不適切であるとする問題指摘がISDBからなされていた。