「妥当」などとしたうち、仏教系の霊友会は、高額献金で生活が破綻した信者が多数いることを念頭に「旧統一教会は人を幸せにする宗教と逆の動きをもたらした。解散命令請求はその動きに制限をかけるもので、信教の自由を守ることにつながる」とした。
臨済宗妙心寺派は「請求はやむを得ない。信教の自由は国民の権利だが、公共の福祉に反して何をしてもよいというわけではない」との見方を示した。
崇教真光も「どちらかと言えば妥当」とした上で、「法令違反や不法行為のある団体がないか行政機関が定期的に状況を把握し、指導する制度づくりも大切だ」と指摘した。
一方、請求に反対とした３団体のうち、幸福の科学は「信教の自由の侵害で、事実上の宗教弾圧だ。（請求理由の）『民法上の不法行為』の適用範囲が不当に拡大される恐れがある」と懸念した。
曹洞宗も反対の立場で、請求を受けて旧統一教会の信者が居場所を失ったり、過激化したりしないように「信者や家族に寄り添った支援が求められる」との考えを示した。
日本基督教団の事務局は「旧統一教会や関連する政治団体と自民党などとの問題が明らかにされておらず、解散は『目くらまし』にすぎない」と主張した。
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