学術界や経済界など第三者で構成される有識者懇談会の提言報告書は、日本学術会議について「国の特別機関」から法人への改変が望ましいと提言した。自律により世間の常識を知り、国民の真のニーズに応えられる組織への生まれ変わりを促した形だ。
学術会議見直し論の機運が高まったのは平成２９年。学術会議が軍事研究を忌避した昭和２５年など過去の声明の継承を表明したことに端を発する。近年は科学技術の発展で軍事と民生の線引きが困難になる中、「時代錯誤」「自由な研究や技術革新を阻害する」などの批判が続出した。
そんな中、令和２年に菅義偉首相（当時）が学術会議側が推薦した候補のうち６人の任命を拒否し、対立が深まった。現職会員による推薦者を首相が形式的に任命していた選考過程の不透明さに菅氏がメスを入れた形だ。
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