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JR西日本のホームページなどによると、5日午後4時35分ごろ、京都市下京区のJR京都駅で構内の確認をしており、琵琶湖線、JR京都線、湖西線、嵯峨野線、奈良線の列車に遅れが出ているという。停車した電車に乗り合わせた乗客などによると、不審物が見つかり、警察が確認作業を行っている旨のアナウンスが車内であったという。
京都府向日市のJR向日町駅で足止めを食らった男性は同駅ホームに降ろされた。男性は「車内は落ち着いていた。列車のドアが開けられ、駅に降りる客もいた」とした。男性は「（運行再開まで）しばらく時間がかかるのでは」と口にした。
JR西は午後5時20分から振り替え輸送を実施するという。
