京都市が部落解放同盟支部の温泉旅行に不正補助金8000万円を支出した際の責任者の1人として、「市民ウォッチャー京都」らが起こした住民訴訟において敗訴し、117万円の返還を求められている[8]。
2007年12月27日に京都地方裁判所から、特定の教職員にたいして研究委託費を支給したのは地方自治法の給与条例主義に反する違法な支出として、「心の教育はいらない市民会議」らが原告となって起こした住民訴訟に敗訴し、桝本頼兼市長らとともに約7200万円の損害賠償を命じられている[9]。京都市は控訴したが、2008年10月14日、大阪高等裁判所は控訴を棄却した[10]。
2018年7月7日、京都府に大雨特別警報が出され、自らも避難指示を出した最中[11][12]、市内のホテルで開催された自由民主党の西田昌司参議院議員の後援パーティーに参加した[13][14][15]。
2019年7月18日夜、京都市上京区のホテルで開催された立憲民主党の増原裕子・参院選候補者の個人演説会[16][17]の応援演説で、同日に発生した京都アニメーション放火殺人事件に触れて「火事は3分、10分が大事。選挙は最後の1日、2日で逆転できる」と発言した。重大な放火事件を支持拡大の材料に使うような発言をしたことに会場内からは疑問の声が聞かれ、陣営関係者からも批判されていた。演説会後、京都新聞の取材に対して「一般によくある標語だ」と門川は反論していたが、翌19日の午前、不適切な発言であったことを認め、謝罪と哀悼のコメントを発表した[18][19][20]。その後、選挙戦最終日の増原の応援に門川は姿を見せなかった[17]。
こんなにやっても市長になれるんだからホント市民ってバカ以外言い様無いよな