犬や猫のマイクロチップ義務化なぜ？登録先は…気になる痛みや体への影響、獣医師に聞いてみた【ペットドクター相談室】
https://www.fukuishimbun.co.jp/articles/-/1594700

■マイクロチップの装着、痛くないの？
　
マイクロチップは専用のインジェクターを用いて装着します。
大きさは太さ約2ミリ、長さ約11ミリで首元の背中側の皮下組織に挿入することが多いです。

装着時はどうしても痛みが伴いますが、装着してしまえばほとんどの動物さんは気にしません。