マイナンバーのシステムがどう設計されてるかは知らないけど
表示番号とシステム内部での管理番号はさすがに別だろうと思う
いろんなシステムの番号を書き換えるのは非現実的だからね

表示番号とシステム内部の管理番号の変換テーブルがあって
表示番号が漏れたとかで番号を変える場合は表示番号を採番し直して変換テーブルを書き換える
とかだと思う
実際どうなのかは知らん