繰り返しになるが、そもそも国民生活基礎調査は公務員と民間の仕事を分けていない
ttps://www.mhlw.go.jp/toukei/saikin/hw/k-tyosa/k-tyosa23/dl/05.pdf
しかも、非正規の選択肢には
>オ その他
>上記ア〜エ以外の者をいう。

仮に公務員を区別していて、会計年度任用職員という選択肢がなくても、会計年度任用職員はその他を選ぶだけのことでしかない
その他を選んで非正規にカウントされるだけ